廣泛應用抗結核藥物治療以來，肺結核管道播散的并發癥，如喉、腸結核已很少見。肺內空洞及干酪樣病變靠近胸膜部位破潰時，可引起結核性膿氣胸。滲出性胸膜炎的胸水，如未及時治療，亦可逐漸干酪化甚至變為膿性，成為結核性膿胸。慢性纖維空洞型肺結核或一側肺毀損，并發肺氣腫、肺大皰，可引起自發性氣胸，亦可導致慢性源性心臟病，甚至心肺功能衰竭。肺結核病灶反復進展及纖維化，致使肺內支氣管正常結構遭受破壞，可引起繼發性支氣管擴張，常反復咯血。

　　原發性感染時結核菌隨血行分布，潛伏在其他器官，一旦人體免疫力極度減弱，可產生該器官的結核病，常見的有淋巴結、腦膜、骨及泌尿生殖器官結核等。

　　艾滋病容易繼發結核菌或非結核分枝桿菌感染，有些發達國家結核病疫情原已顯著下降，但由于艾滋病的流行，卡氏肺孢子蟲、巨細胞病毒感染以及結核病患者有所增多。而發展中國家在人體免疫缺陷病毒(HIV)感染及艾滋病患者中，主要并發癥是結核菌感染，常見的是原有的陳舊性結核病灶復烯(內源性復發)。同時患有肺結核與艾滋病，其診斷困難，療效差，病死率高。