檢查迄今尚未發現可據以診斷腫瘤和惡性腫瘤的特異性的超微結構改變。因此要鑒別是否為腫瘤和腫瘤的良惡性仍主要靠光鏡觀察。但電鏡在確定腫瘤細胞的分化程 度，鑒別腫瘤的類型和組織發生上可起重要作用。例如鑒別分化差的癌及肉瘤；區分各種惡性小圓細胞腫瘤，如神經母細胞瘤、Ewing肉瘤、胚胎性橫紋肌肉 瘤、惡性淋巴瘤及未分化小細胞癌。

　　在電鏡下，癌細胞之間常見較多的橋粒連接或橋粒樣連接，因而可與肉瘤 相區別。在惡性小圓細胞腫瘤中，各類腫瘤也有其超微結構特點，如神經母細胞瘤常見大量樹狀細胞突，在瘤細胞體及胞突中均可查見微管和神經分泌顆 粒；Ewing肉瘤的瘤細胞常分化差，胞漿內細胞器很少，但以大量糖原沉積為其特點：胚胎性橫紋肌肉瘤可見由肌原纖維和Z帶構成的發育不良的肌節；小細胞 癌常可見細胞間連接和胞漿內神經分泌顆粒；惡性淋巴瘤除可見發育不同階段淋巴細胞的超微結構特點外，不見細胞連接、神經分泌顆粒、樹狀胞突和糖原沉積，從 而可與其他小圓細胞腫瘤區別。