整條肽鏈中全部氨基酸殘基的相對空間位置，即整條肽鏈所有原子在三維空間的排布位置。蛋白質三級結構的形成和穩定主要靠次級鍵——疏水作用，離子鍵、氫鍵等。藥士微生物輔導精華一些蛋白質的三級結構可形成數個結構域，各結構域都有特殊的功能。例如纖連蛋白每條多肽鏈含有6個結構域，分別與細胞、膠原、DNA和肝素等結合。