碳青霉烯類抗生素不良反應主要為惡心、嘔吐、腹痛、腹瀉等胃腸道反應以及血液學方面的嗜酸性細胞增多、白細胞減少、中性粒細胞減少、粒細胞減少等，但一般能為患者所耐受。而當超劑量使用時可出現神經系統毒性，如頭痛、耳鳴、聽覺暫時喪失、肌肉痙攣、神經錯亂、癲癇等，尤其是腎功能不全伴癲癇者；所以一旦出現震顫、肌肉痙攣或癲癇，應立即減量或停藥。同時，碳青霉烯類抗生素可導致皮疹、瘙癢、發熱、休克等過敏反應；因此對過敏體質者慎用。
　　亞胺培南（泰能)主要為惡心、嘔吐、腹瀉等胃腸道反應，皮疹、瘙癢、發熱、靜脈炎等過敏反應，白細胞減少，嗜酸細胞增多，血小板增多或減少，血清轉氨酶升高，中樞神經系統癥狀，對有癲癇誘發因素者可誘發癲癇發作。美洛培南（美平)主要為皮疹、瘙癢、靜脈炎、過敏反應、頭痛、血小板增多，嗜酸粒細胞增多，血清轉氨酶、AKP、LDH升高等，偶有癲癇發作（0.05%)，但遠低于亞胺培南，腎功能受損，意識障礙、中樞神經系統癥狀等到嚴重不良反應發生率較少（一般少于0.1%)。帕尼培南（克倍寧)主要為惡心、嘔吐、腹瀉等胃腸道反應，皮疹、藥疹、發熱、瘙癢等到過敏反應。
　　過敏性休克發生率低，但應引起注意。對青霉素類、頭孢菌素類及其它β-內酰胺類藥物過敏者，可能對碳青霉烯抗生素出現交叉過敏。所以對上述藥物曾發生過嚴重全身性過敏反應者，應禁用本組藥物。