能誘導宿主發生自身應答的物質稱為自身抗原。正常情況下免疫系統對自身物質不作為抗原來對待，但當機體受到外傷或感染等刺激時，就會使隱蔽的自身抗原暴露或改變自身的抗原結構，或者免疫系統本身發生異常，這些情況均可使免疫系統將自身物質當作抗原性異物來識別，誘發自身免疫應答，引起自身免疫病。