手術治療為子宮內膜異位癥的主要方法，因為在直視下可以基本上明確病灶范圍和性質，對解除疼痛，促進生育功能效果較好，療程短尤其對重癥者，纖維化多，粘連緊密，藥物不易奏效。較大卵巢內膜樣囊腫，藥物治療無效，手術尚有可能保留有效卵巢組織。手術可分為保守性手術，半根治性手術和根治性手術3種。

　　1、保守性手術：主要用于年輕、有生育要求者。保留子宮及附件（盡量保留雙側），只是切除病灶，分離粘連，重建卵巢，修復組織。近年來應用顯微外科手術，切除異位病灶，仔細縫合創面，重建盆腔腹膜，仔細止血，徹底沖洗，使手術效果臻于完善，提高手術后妊娠成功率，降低復發率。

　　1）腹腔鏡手術：通過腹腔鏡檢查，可明確診斷，可用特種設計的刀、剪、鉗等進行病灶切除，分離粘連。在腹腔鏡下可用CO₂激光器或氦-氖激光器燒灼病灶，即在恥骨聯合上2cm處做第二切口，激光刀通過這切口的套管進入盆腔，在腹腔鏡直視下燒灼病灶。也可經腹腔鏡穿刺吸出囊液，再用生理鹽水沖洗，然后注入無水乙醇5～10ml，固定5～10分鐘后吸出，最后用生理鹽水沖洗后吸出。

　　在腹腔鏡下還可行輸卵管通液檢查。

　　2）B超下行卵巢內膜樣囊腫穿刺術：對手術剝離術后或腹腔鏡下穿刺后復發病例，可考慮超聲下穿刺術及藥物治療。

　　3）剖腹保守性手術：用于較嚴重病灶粘連患者，尤其是無腹腔鏡設備醫療機構或腹腔鏡掌握不熟練者，皆可實行剖腹手術分離粘連，挖除卵巢子宮內膜樣囊腫，盡可能保留正常的卵巢組織，如病灶僅限于一側且較重，另一側正常，有人主張將病側附件切除。這樣做妊娠率較保留病側卵巢后的妊娠率高。還可做簡單子宮懸吊術。是否做骶前神經切除值得商榷。

　　保守手術的重要目的之一，為希望妊娠足月分娩，故術前應對夫婦雙方進行徹底的不孕檢查。術后復發者仍可再次采用保守手術，仍可獲得療效。

　　2、半根治手術：無生育要求，病灶嚴重，而年齡較輕者（＜45歲），可行子宮和病灶全切，但盡可能保留一側正常的卵巢組織，以避免絕經期癥狀過早出現。一般認為半根治術后復發率低，后遺癥少。切除子宮可去除具有活力的子宮內膜細胞種植的，從而可減少復發機會。但因保留了卵巢仍有可能復發。

　　3、根治性手術：年齡接近絕經期，尤其病情重，有過復發者，應實行全子宮及雙側附件切除。手術時盡可能避免卵巢內膜囊腫破裂。囊液流出時應盡快吸盡，沖洗。術后出現更年期綜合征者，可用鎮靜劑及尼爾雌醇。

　　腹壁、會陰切口處發生子宮內膜異位癥者，應徹底切除，否則會復發。

　　子宮內膜異位癥患者常合并排卵功能障礙，故不論采用激素治療或保守性手術治療，皆可用HMG或/及克羅米芬促卵泡成熟排卵。

　　如為不育而實行保守手術治療者，可應用激素治療3～6個月以鞏固療效。但有人認為，術后1年是妊娠最易發生的時間，用丹那唑或假孕治療，反而減少受孕機會而不主張用。