黃芩具有清熱燥濕、瀉火解毒等功效，近年運用新技術探索黃芩的活性成分，現已證實黃芩具有如下藥理作用：

　　一、抗氧比

　　黃芩的主要活性成分黃芩素、黃芩苷能清除羥自由基、烷自由基，抑制由此引起的線粒體脂質過氧化和卵磷脂質體代謝，對抗過氧化氫引起的細胞損傷，對心肌缺血再灌注有保護作用。

　　二、抗致癌作用

　　黃芩素可抑制黃曲霉毒素B1和亞硝胍對沙門氏菌的致突變作用，可降低黃曲霉毒素致染色體畸變的頻率，還可增強白介素和腫瘤壞死因子等細胞介質的抑癌作用。

　　三、抗病毒和抗菌作用

　　黃芩苷在低于細胞毒濃度時可抑制T細胞和艾滋病病毒，在HIV－1被細胞吸附之初，可阻止其復制。業已證明，黃芩苷的主要作用環節在于干擾HIV－1攻擊靶細胞，因此有望開發成為新的抗艾滋病藥物。黃芩苷對皮膚和指甲的致病真菌亦有抑制作用。

　　四、對血管的作用

　　低濃度黃芩素對離體的腸系膜動脈呈現收縮作用，高濃度時則呈現松弛血管平滑肌作用。

　　五．在復方中的作用

　　日本發現黃芩和含黃芩的復方如三黃瀉心湯、小柴胡湯等的水提取物，對神經膠原細胞內Ca2+濃度在組織胺誘導下的增加有抑制作用，這些水提取物及黃芩苷可通過抑制前列腺素E2（PGE2）的釋放，降低花生四烯酸的濃度，對防治高血壓和糖尿病有重要意義。三黃瀉心湯和黃連解毒湯對引起昏睡病的錐蟲有很強的殺滅作用。柴樸湯是日本用于治療支氣管哮喘的有效漢方，其中黃芩的作用功不可沒。