（一）土壤

　　土壤含有細菌生長繁殖必須的營養物質、水分、適宜的pH及氣體環境，故土壤中細菌種類繁多，數量也最大。土壤中細菌可分三類：①天然生活在土壤中的自養菌；②隨動物尸體進入土壤的腐物寄生菌；③來自人或動物的排泄物及尸體進入土壤的致病菌。但多數病原菌在土壤中很容易死亡，有芽胞細菌，如炭疽芽胞桿菌、破傷風梭菌、氣性壞疽病原菌可長期存活。土壤中的厭氧芽胞桿菌是創傷感染病原菌的主要來源。

　　（二）水

　　水中的細菌來自土壤、塵埃、垃圾及人畜的排泄物等。由于水極易受人與動物糞便和各種排泄物的污染，所以致病性細菌如霍亂弧菌、傷寒沙門菌、痢疾志賀菌、鉤端螺旋體等可以在水中生活，因而經常通過水引起各種傳染病。由于從水中檢出病原菌比較困難，所以用大腸埃希菌作為水被糞便污染的主要指標，用測定大腸埃希菌群數來判定水源被污染的程度。目前我國規定飲用水的標準為lml水中的細菌總數不超過100個，1000ml水中大腸埃希菌群數不超過3個。

　　（三）空氣

　　空氣中的細菌來源于人畜呼吸道的飛沫及飄揚起來的塵埃。室內空氣中的細菌比室外多，尤其在人口密集、空氣不流通的公共場所易被患者或帶菌者污染，引起呼吸道傳染病的傳播。空氣中細菌污染的指標，通常是測定lm3空氣中的細菌總數和鏈球菌數作為細菌污染空氣的指標。空氣中的細菌也是培養基、生物制品、醫藥制劑以及手術室等的污染來源。