在同種移植中，即使外科手術十分成功，沒有任何失誤，移植物也會因排斥反應（rejection）而不能長期存活，這是長久困擾人們的一個大問題。1944年Medawar等人以周密的實驗證明了移植排斥反應是宿主和移植物之間產生的免疫應答；以后相繼發現了多種與排斥反應相關的抗原，稱為組織相容性抗原或移植抗原。在同種異體移植時，決定組織相容性的同種抗原種類很多，其中起主要作用的稱為主要組織相容性抗原；在小鼠為H-2，在人類為HLA.

　　HLA分子分3類，其中MHCⅠ類和Ⅱ類分子與移植免疫的關系較為密切；目前認為HLA-DR位點的抗原對移植最為重要，其次為HLA-A、HLA-B、HLA-DQ和HLA-DP，HLA-C在移植免疫過程中沒有明顯作用。HLA復雜的排列組合是一個非常龐大的數字，使得正常人群中除同卵雙胞胎以外很難找到HLA基因完全相同者；只要供者與受者之間的HLA抗原有所不同，就會出現程度不等的排斥反應，為臨床移植工作帶來困難，本章所涉及的組織配型、排斥反應和免疫抑制等多是針對HLA及其誘導的免疫排斥。

　　ABO血型系統也是主要組織相容性抗原。ABO系統的抗原不僅存在于紅細胞，亦存在于血管內皮及其它組織細胞表面，當供者與受者的ABO血型不符時，移植物的血循環重建后會即刻導致嚴重的排斥反應而使移植失敗。但是ABO血型只有4種主要類型，容易檢測也容易配型。