同種間不同個體的特異性抗原。例如人類的ABO和Rh血型抗原及主要組織相容性抗原等。這種個體間的抗原性差異雖不象異種抗原的免疫原性那么強，但也可在同種間引起一定程度的免疫應答。例如ABO和Rh血型不符可引起輸血反應，而HLA除了可引起移植排斥反應之外，還可調節機體的免疫應答。