遺傳型變異還可通過兩個不同性質細菌之間發生遺傳物質的轉移和重組而實現。在基因轉移中，提供DNA的細菌為供體，而接受DNA的細菌是受體。基因轉移后獲得重組的子代，即具有供體與受體菌二者的主要特性。實現基因轉移需要兩個基本條件：一是全部或部分供體菌的基因相應進入受體菌；二是在受體菌中形成重組（雜交）的基因組。一般在親緣關系相近，供、受體菌間容易發生重組，而無親緣性的細菌間因基因組缺乏同源序列，不能或不易發生重組。重組子代菌產生的率很低，因此一般需要有選擇條件使重組子代菌生長繁殖基因轉移的方式和機理有幾種不同形式。兩個細菌細胞間可通過暫時的溝通（如接合）；也可根本不接觸，通過供體菌釋放的DNA片段進入受體菌（如轉化）；也可通過噬菌體作媒介將供體菌的DNA片段包裹在其頭部轉移至受體菌（轉導）。

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