酶制劑按其臨床應用來分類，主要有以下幾種：

　　消化類：這類酶研究最早，是品種最多的一類酶。它們的作用是消化和分解食物中各種成分，如淀粉、脂肪、蛋白質等使變成比較簡單的物質，便利腸胃道的吸收。當體內消化系統失調，消化液分泌不足時，服用這一類酶就能夠補充和糾正體內消化酶的不足，恢復正常消化機能。在這一類酶中主要有胃蛋白酶、胰酶、淀粉酶、纖維素酶、木瓜酶、凝乳酶、無花果酶、菠蘿酶等。

　　抗炎凈創類：這一類酶是目前在治療上發展最快，用途最廣的一種。這種酶大多數都是蛋白質水解酶，能夠分解發炎部位纖維蛋白的凝結物，消除傷口周圍的壞疽、腐肉和碎屑。其中有些酶能夠分解膿液中的核蛋白使成簡單的嘌呤和嘧啶，降低膿液的粘性、達到凈潔創口、消除癡皮、排除膿液抗炎消腫的目的。在這一類酶中，主要有胰蛋白酶、糜蛋白酶、雙鏈酶，α一淀粉酶、胰脫氧核糖核酸酶等。給藥的方法有外敷、噴霧、灌注、注射、口服等。它們可以單獨使用，也可以與抗菌素等合用，治療各種潰瘍、炎癥、血腫、膿胸、肺炎、支氣管擴張、氣喘等癥。

　　血凝和解凝類：這一類酶都是從血液中提取出來的，有的能促使血液凝固，有的卻能溶解血塊。凝血酶的作用是促使血中纖維蛋白元變成不溶性纖維蛋白,從而促使血液凝固，防止微血管出血。纖維蛋白溶解酶的作用是溶解血塊，為目前臨床上最新的一種酶制品……

　　治療血栓靜脈炎、冠狀動脈栓塞等。

　　解毒類：這一類酶的主要作用是解除體內或因注射某種藥物產生的一種有害物質。主要品種有青霉素酶、過氧化氫酶和組織胺酶等。青霉素酶能夠分解青霉素分子中的β一內酰胺環，使變成青霉噻唑酸，消除因注射青霉素引起的過敏反應。

　　診斷類：這一類酶是用作臨床上各種生化檢查的試劑，幫助臨床診斷。最常用的有葡萄糖氧化酶，β一葡萄糖苷酸酶和尿素酶。如尿素酶是測定血液中尿素的濃度和尿中尿素的含量的，從而可檢查腎功能。