微小內蜒阿米巴為寄生人、猿、猴和豬等結腸腔的小型阿米巴，滋養體平均直徑約10μm，外形、大小很像哈門氏阿米巴，但核型特殊。染色后的胞核可見粗大而不規則的核仁，占核直徑的1/3～1/2，常偏于一側。

　　由于缺核周染粒，核膜顯得極薄，與核仁之間有清晰的空隙和相連的核絲。包囊橢圓或類圓形，平均大小9μm，色線灰，不易著染而常易辨認。成熟包囊也有4核，缺擬染色體，偶見形狀不一的糖原泡。該蟲也不致病，重感染或特殊情況下偶有引起急性或慢性腹瀉。該蟲對甲硝咪唑類藥物敏感。