布氏嗜碘阿米巴以包囊期具有特殊的糖源泡而得屬名。蟲體稍大于微小內蜒阿米巴，滋養體6～25μm（平均在12μm上下），偽足寬大，不吞噬紅細胞，可見1～2個糖原泡。經鐵素木素染色后核明顯，其特征為中央有粗大的核仁，外圍為一層染色較淺的微粒所包繞。核染色質粒纖細，常在核膜與核仁之間形成圈圍。包囊呈不規則的卵圓形，直徑6～16μm（平均約10μm），但多變異。突出的特點是含有圓形或卵圓形邊緣清晰的糖原泡，常把核推向一邊。

　　核一般僅一個，核內染色質粒常聚集于核仁一側呈新月狀。碘染標本中，糖原泡呈現棕色團塊，而在未染色或鐵素木素染標本則為泡狀空隙。特殊的糖原泡和核構造是鑒定本蟲的主要依據。