腦脊液由臨床醫師進行腰椎穿刺采集，必要時可從小腦延腦池或側腦室穿刺獲得。穿刺后應由醫師用壓力測定，正常人腦脊液壓力臥位為0.78-1.76kpa（80-180mmH2O），兒童為0.4-1.0kpa（40-100mmH2O）。任何病變使腦組織體積或腦脊液量增加時，腦脊液壓力均可升高。待壓力測定后將腦脊液分別收集于3個無菌試管中，第一管作細菌培養，第二管作化學分析和免疫學檢查，第三管作一般性狀及顯微鏡檢查。每管收集1-2毫升。腦脊液標本必須立即送驗及時檢查，放置過外將影響檢驗結果，是細胞破壞、變性、或細胞包裹于纖維蛋白凝塊中，導致細胞數降低、分類不準確等。存放中的腦脊液葡萄糖會分解，使之含量降低；細菌自溶或殘廢可影響細菌檢出率等。

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