HIV基因組可發生變異，從而使分離到的HIV株間有不同的生物學特性。HIV變異較多集中于包膜糖蛋白env基因和調節基因nef.基因核苷酸序列的變異導致編碼氨基酸的改變。根據enz，基因序列的差異將目前全球流行的HIV-I分為A、B、C等8個亞型，在非洲主要流行的是A、C、D、E，我國云南省感染者豐要為B和C亞型。全球流行以C和E亞型為主，估計病毒env基因核苷酸變異概率每年每個位點約0.1%，其變異率與流感病毒相似。