人體表以及與外界相通腔道中的正常菌群，可以通過它們的代謝產物對抗病原菌入侵。例如皮膚上的痤瘡丙酸菌（Propionibacterium acnes）能產生抗菌性脂類、抑制金黃色葡萄球菌和化膿性鏈球菌在皮膚上生長；腸道中的某些厭氧菌能產生脂肪酸阻止沙門氏菌在局部生存；腸道中大腸桿菌產生的大腸菌毒和酸性產物能抑制痢疾桿菌、金黃色葡萄球菌；咽部的草綠色鏈球菌似能阻止肺炎球菌在局部生長；鼻腔的表皮葡萄球菌和類白喉桿菌能妨礙金黃色葡萄球菌定居等。當這種拮抗作用受影響時，則可發生菌群失調癥。