由于胰腺結石導致的胰腺損害較為明顯，故易于引起一系列的并發癥，如糖尿病、胰腺癌等。最常見的并發癥有下列幾方面。

　　1.胰結石的良性并發癥：糖尿病最為多見，以及因糖尿病而造成的心肌病變、腎臟病變、視網膜病變、閉塞性動脈硬化癥等。有時亦可發生肝臟病變和消化性潰瘍。

　　2.胰結石性胰腺病變波及周圍臟器的癥狀：胰腺腫大或纖維化的硬結壓迫膽總管、脾靜脈，或導致脾-門靜脈血栓形成而出現繼發性門靜脈高壓，可為區域性高壓，可為全身性，當視血栓形成所波及的范圍。

　　3.惡性并發癥：胰石癥的惡性并發癥一種是胰腺本身，另一種為胰腺以外的惡性腫瘤。胰石癥與胰腺癌的關系極為密切。一般是胰結石在先而后發生胰癌。并發胰腺癌者多為大結石。約半數為胰頭部。合并胰腺癌的發病率各家報道不一。歐美文獻記載為3.6～25%，日本小口壽夫報道例胰結石并發胰腺癌31例（占14.8%）。日本的一般報道為5.3%～10%.